Il sistema di rilascio delle quote di emissione agli impianti soggetti allo schema si è evoluto nel tempo. L’art.9, Dir. 2003/87/CE introduce il sistema dei piani nazionali di assegnazione per il rilascio delle quote agli Stati membri tramite i quali gli Stati richiedono le quote necessarie per gli impianti nazionali (con una riserva prevista per i Nuovi Entranti) . L’allegato III della Direttiva definisce i criteri guida per la stesura del piano nazionale di assegnazione, per la Fase 1 e Fase 2. L’ammontare complessivo delle quote rilasciate per la Fase 1 e la Fase 2 veniva definito dalla somma delle quote stanziate dagli Stati membri all’interno dei piani nazionali di assegnazione. Modificato (rif. Art. 9 Direttiva 2009/29/CE). Il sistema dei piani nazionali di assegnazione verrà sostituito a partire dall’inizio della Fase 3 con un sistema di assegnazione centralizzato a livello comunitario; gli Stati membri sono comunque tenuti a presentare delle proposte per la parte di quote da assegnare gratuitamente. Il quantitativo proposto dovrà essere approvato dalla Commissione. L’art. 9 Dir. 2009/29/CE definisce il quantitativo comunitario di quote per la Fase 3 e il sentiero annuale di riduzione del Cap comunitario. A partire dal 2013 il Cap comunitario verrà definito a livello centrale: “Il quantitativo comunitario di quote rilasciate ogni anno a decorrere dal 2013 diminuisce in maniera lineare a partire dall’anno intermedio del periodo dal 2008 al 2012. Il quantitativo diminuisce di un fattore lineare pari all’1,74 % rispetto al quantitativo medio annuo totale di quote rilasciate dagli Stati membri conformemente alle decisioni della Commissione sui loro piani nazionali di assegnazione per il periodo dal 2008 al 2012”.