L'art. 11 Dir. 2003/87/CE definisce le modalità per l’assegnazione e il rilascio delle quote di emissione: per ogni anno l'autorità competente rilascia una parte delle quote totali di emissioni entro il 28 febbraio. L’art. 12 Dir. 2003/87/CE stabilisce le modalità di trasferimento, restituzione e cancellazione delle quote di emissione: “Gli Stati membri provvedono affinché, entro il 30 aprile di ogni anno, il gestore di ciascun impianto restituisca un numero di quote di emissioni pari alle emissioni totali di tale impianto nel corso dell'anno civile precedente, come verificato a norma dell'articolo 15, e che tali quote vengano successivamente cancellate”. L’art. 15 Dir. 2003/87/CE definisce le tempistiche per i gestori degli impianti per presentare il rapporto sulle emissioni verificate durante l’anno precedente: “Gli Stati membri provvedono affinché il gestore dell'impianto la cui comunicazione non sia stata riconosciuta conforme ai criteri stabiliti entro il 31 marzo di ogni anno per le emissioni rilasciate durante l'anno precedente non possa trasferire ulteriormente altre quote di emissioni fino al momento in cui la sua comunicazione non sia riconosciuta come conformi”. L’art. 16 Dir. 2003/87/CE stabilisce le sanzioni da applicare in caso di violazione delle disposizioni nazionali e/o la mancata restituzione delle quote secondo i tempi e le modalità previste: “Gli Stati membri provvedono affinché il gestore che, entro il 30 aprile di ogni anno, non restituisce un numero di quote di emissioni sufficiente a coprire le emissioni rilasciate durante l'anno precedente sia obbligato a pagare un'ammenda per le emissioni in eccesso. Per ciascuna tonnellata di biossido di carbonio equivalente emessa da un impianto il cui gestore non ha restituito le quote di emissione, l'ammenda per le emissioni in eccesso corrisponde a 100 EUR. Il pagamento dell'ammenda per le emissioni in eccesso non dispensa il gestore dall'obbligo di restituire un numero di quote di emissioni corrispondente a tali emissioni in eccesso all'atto della restituzione delle quote relative alle emissioni dell'anno civile seguente”.